本處埤圳創始於二百年前滿清乾嘉年間，係由地方人民共同出資或個人投資而設，嗣由灌溉需要而次第築者凡多，而經日治時代將原以私人營利為主之農田水利事業賦予公共的性格指定凡為公眾使用之埤圳皆納入「公共埤圳」受行政官吏的指導和監督，由於政治轉變於民國12年則由強制性的公共埤圳而轉變為較自治型態的水利組合組識，於民國34年二戰結束後的農田水利設施堪稱百廢待舉，政府在作全面修復同時將水利組合改組成為具有合作性質的農民團體之農田水利協會。
嗣後臺灣省政府為提升農村經濟效益並擴大農民利益將農田水利協會與防汛協會合併於民國37年2月改組為水利委員會於民國44年1月19日總統令修正水利法第二條第二項「主管機關得視各地方區域之需要，核准設立地方水利自治團體協助政府推行水利事業」第三項規定水利自治團體為公法人。省政府依修正條文擬定「臺灣省各地水利委員會改進辦法及組織章程」於民國45年10月改稱為臺灣省淡水基隆農田水利會，辦理選舉會員代表及會長。民國45年11月到62年12月農田水利會營運日益艱困，因而有改進改制之議，而臺灣省政府於63年9月26日公佈之「臺灣省加速農村建設時期健全農田水利會實施要點」，將全省22個水利會調整融合成15個單位，而淡水與基隆兩個農田水利會，也在此時合併為臺灣省北基農田水利會，其間會員代表暫不選舉，會長由省府遴派。民國71年3月27日公佈修正「臺灣省農田水利會組織規程」結束健全農田水利方案之實施，恢復議事機構辦理選舉會員代表，會長由會員代表選舉產生。而因政府修正農田水利會組織通則於民國83年6月1日改為政府遴派會務委員及會長至91年5月31日止，而又因農田水利會組織通則再次修正會長由全體會員直接選舉之，會務委員由全體會員分區選舉產生，任期皆為四年。
◎原淡水農田水利會：
- 民國11年為「台北州公共埤圳組合」。
- 民國12年3月31日改分為龍泉、大屯、金泉吉、成渠、八連等5個水利組合。
- 民國29年1月31日合併為淡水水利組合。
- 民國35年5月改稱為淡水農田水利協會。
- 民國37年2月易名為淡水水利委員會。
- 民國45年10月改為臺灣省淡水農田水利會。
◎原基隆農田水利會部份：
- 民國9年為台北州公共埤圳組合。
- 民國11年分為金山、萬里、七堵、頂大、拔西侯、瑞芳、坪林等36個水利組合。
- 民國27年合併為基隆水利組合。
- 民國35年11月改稱為基隆農田水利協會。
- 民國37年2月易名為基隆農田水利委員會。
- 民國43年6月25日水利局接管為基隆水利管理處。
- 民國45年10月改為臺灣省基隆農田水利會。
- ◎民國64年1月1日將淡水、基隆兩水利會合併為臺灣省北基農田水利會，會長由省府派任。
- ◎民國71年6月1日政府代管結束，恢復會員代表選舉，會長由會員代表選舉產生。
- ◎民國83年6月1日至87年5月31日止為政府修正農田水利會組織通則產生第一屆遴派會長及遴派會務委員。
- ◎民國87年6月1日至91年5月31日止仍為第二屆遴派會長及遴派會務委員。
- ◎民國91年6月1日起政府修正農田水利會組織通則改為產生第一屆直選會長及會務委員任期四年。
- ◎民國95年5月任期屆滿辦理改選第二屆直選會長暨會務委員於95年6月1日就職。
- ◎民國99年5月任期屆滿辦理改選第三屆直選會長暨會務委員於99年6月1日就職。
- ◎民國102年1月1日奉行政院農業委員會核定更名為臺灣北基農田水利會。
- ◎民國103年5月任期屆滿辦理改選第四屆直選會長暨會務委員於103年6月1日就職。
- ◎民國109年10月1日改制為行政院農業委員會農田水利署北基管理處。
- ◎民國112年8月1日改制為農業部農田水利署北基管理處。